司马元显说话算话，接到王恭死讯后，立即任命刘牢之为征西将军，都督兖、青、冀、幽、并、徐、扬等州军事，刘牢之从而实际掌握了东晋的军权。他的倒戈意味着东晋两支最精锐主力部队开始火拼了。</p>
首先发难的是杨诠期和桓玄，他们联名上书，以刘牢之擅杀大臣为名，请求杀刘牢之。司马元显看到上表，差点笑喷了，这不是恶人先告状么？你们千里迢迢来到建业，不就是想要我们父子的人头吗？还不要人正当防御啦？</p>
桓玄见朝廷没搭理，便率领荆州兵进驻石头城，摆出一副随时攻城的姿态。司马元显心里非常着急，一边组织百姓守城，一边催促刘牢之拱卫京师。后者不敢大意，立即率军回援，不日抵达建业。</p>
另一方面，殷仲堪的主力部队也赶到——东晋的全部家底都在这里了。论战斗力，北府兵要比荆州兵高一丢丢；论人数，荆州兵却比北府兵高出许多。司马元显并没有十足的把握展开决战，于是，他又动起了歪脑筋。</p>
那就再次从内部击破好了。</p>
司马元显喊来了桓修，这人是桓冲的儿子，自幼在荆州长大，对荆州的一草一木都十分熟悉，他对元显说：“荆州兵我在了解不过，殷仲堪材质平庸，纸老虎一个，他之所以敢起兵，完全依仗桓玄和王恭，现在王恭已死，只要搞定桓玄，一定会收到意想不到的结果。”</p>
“就这么办！”</p>
于是乎，东晋朝廷发出了若干封任命书：桓玄为江州刺史；杨诠期任雍州刺史；桓修为荆州刺史；殷仲堪则被贬为广州刺史，即日启程赴任。朝廷还送给桓玄一大群美女和成山的金银珠宝，派刘牢之带一千人欢送。</p>
殷仲堪当然不愿意，他催促桓玄和杨诠期赶紧攻城，并写信威胁两人：“你要是敢联合朝廷出卖我，我就把你在荆州的老婆孩子统统杀掉！”</p>
以现代人的眼光来看，桓玄绝对是那种顾家好男人，他担心家人的安危，急忙撒丫子跑路，终于在半路追上殷仲堪，逼他交出儿子做人质。这下好了，你要敢杀我老婆，我就敢做掉你儿子！</p>
杨诠期也怕殷仲堪说到做到，也赶来汇合（如果他决意不回的话，或许就没有后来的大隋王朝了呢），他与桓、殷重新订立了盟约，并宣布拒绝朝廷的任命；同时上书朝廷，为王恭和殷仲堪讨说法。司马元显无奈，又把荆州还给了殷仲堪。</p>
三人一路无语，默默回到荆州，经过建业之旅，哥仨的关系更加微妙了：桓玄有官职；殷仲堪有兵权；杨诠期啥都有，啥都不多，三人互不买账，互相玩心眼，直到玩死为止。</p>
随着殷仲堪等人踏入荆州地界，这场无厘头的内乱画上了句点，总结为一句话，就是雷声大雨点小。</p>
说雷声大，是因为这场内乱将东晋五大家族全部卷了进去，最终桓家以微弱的优势胜出；而王、庾等几家无法避免地走向了衰落；而雨点却很小，没死几个人，真正的战场冲突几乎没有，东晋朝廷格局没有发生实质性的变革。</p>
当然，东晋政府还是有收获的，最重要的一点是收回了京口和扬州大部，消除了建业周围的威胁，尽管如此，其实际控制范围还是小得可怜，唯有三吴之地而已。但是现在，就连这块巴掌大的地方都要保不住了。</p>
王恭之乱后没几天，司马元显又收到了孙泰企图造反的消息。</p>