嘉靖44年（元1565年）2月底，戚继派傅应嘉和沈舟率领水军到达广东境内后就联俞大猷率领的广东水师，两军总8000多人乘坐80多艘战船一起在面上等待从福梅岭逃跑撤到这里来的吴盗集团。吴集团刚一到达广东境内的面上后就遭到俞大猷和沈傅应嘉、沈舟等人的袭击，后吴的100多艘战船击沉105艘，损失兵力3000多人，吴率领7000多人的军队乘坐少量战船逃到广东的澳岛上。
不久，又有2万名倭寇分在福和广东界的诏安等地登陆，戚继和俞大猷分率领军队在福和广东境内抗击倭寇，4月底时倭寇才本消灭。
6月间，吴率领水兵数千人，驾驶100多艘战船在诏安县境内登陆准备围攻县城等地，后戚继率领军队在梅岭驾驶50多艘战船消灭吴的军队几千人，吴率领水兵乘坐战船逃澳岛。
朝廷得后立刻下令给福和广东的两个省的巡抚、总兵：“福巡抚汪昆和兵部侍郎兼广东巡抚吴桂芳，以福总兵戚继和广东总兵俞大猷严厉监督级将领和官员，还有士兵，齐心协力同剿灭吴盗集团，以安定地方，不准推托误。”
澳岛于现在的广东省汕头市澳县境内，地处福和广东两省的界处，有一部分在属于福的诏安县辖，是朝倭寇从福进入广东的咽喉之地，自古就有“粤东屏障，粤闽咽喉”之称，岛屿的面积为11144k㎡。岛上土地肥沃，森林茂密，岛屿的周围有深澳、隆澳、云澳等要港湾，中深澳地势险要，入港处水非狭窄，小船能鱼贯而入，吴盗集团的大本营就设在这里，且吴还在云盖寺、龙眼沙派有兵力在里守着，同时吴在暗中继续招兵买马、召集旧部，以人战船，到9月份时吴集团的人数达到15000多人，拥有战船100多艘。
戚继和俞大猷分在福、广东着积极的准备，每训练军队、大量战船、火、兵等。7月底，戚继和俞大猷往来信商量后决定戚继率领军队在9月22日登上澳岛，9月25日等俞大猷率领水军到达后一起水陆同时围攻岛上的吴集团，8月初，戚继率领1万多人的戚家军和战船300多艘在月港（今福省漳州市龙区境内）举行誓师大会，准备出征澳岛。