9月16日晚上，戚继率领1000人戚家军，以月满率领的30名少林僧兵和欧阳模率领的30名少林僧兵一起乘坐几艘小型战船行从玄钟所（今福省漳州市诏安县东部）启到达柘林（今广东省潮州市饶县柘林镇）柘林是戚继这率领军队进攻澳岛的出发地。戚继率领1000人和60名僧兵到达后，下来戚家军和广东水师将是一场持久战，所从戚继已经人征集了500艘渔船，以储藏在渔船上总3000多石粮食也到达了柘林和澳岛一带的面上。柘林镇和澳岛是隔望，们中间隔着10多里的大，戚继和唐尧臣察了一下对岸澳岛的地，戚继又叫人拿来地图了一下，戚继和唐尧臣决定登陆的地方就选在澳岛部的龙眼沙，为龙眼沙的地势比较坦。21日晚上，沈舟率领1万多名水军驾驶30艘到达柘林的面上，着戚继带领大家进入所有的船舱后就出发往龙眼沙，到达了距离有龙眼沙几米远的面上，这时，在龙眼沙大营的敌人见面上的戚家军、水军和战船后他们马上戚继等人开炮、用鸟铳射击，戚继令大家一边开炮还击，一边驾驶战船进，终于在9月22日早上戚继率领军队在澳岛龙眼沙成功登陆，着戚继开始对岛上吴集团的所有大营发动进攻，而在面上沈舟令一部分水兵驾驶100艘战船分停在烈屿、宰猪、大沙等港湾，阻止吴集团从上逃走。
9月25日，俞大猷、刘显、汤克宽也率领宗擎和普从，以1万多人的广东水师，一驾驶300艘战船到达了面上，着他们和沈舟率领的水军会后，俞大猷人信号弹，岛上戚继和唐尧臣、月满等人到信号弹后下令大家一起围攻吴集团，后俞大猷和沈舟令所有水兵驾驶艘福船停在岸边的所有倭船和岛上的吴集团开炮。
福船是福所船制的总称，也中的大型战船。是中国古的三大船型种类之一，点是剖面呈v字的型状，上面是衡的，下面像刀刃，贵可以破浪，就是的上面是的，是船的底部是尖底，可以破浪，福船开起来的速度会慢一，是比较稳。
于戚继和俞大猷等人遭到吴军队顽的还击，战争一持续到10月5日的凌晨，吴才率领800人驾驶40艘战船饶县方逃。澳岛之战中戚继和俞大猷率领军队一斩首倭寇的首级1500多颗，烧死和淹死倭寇5000人，炸毁战船60多艘，救倭寇俘虏的姓1800多人。。
后戚继和俞大猷分率领军队在广东饶县的凤凰山、雷州、廉州等地大败吴率领的残部，一炸毁战船10艘。嘉靖45年（元1566年）初，吴率领残部驾驶30艘战船逃到安今越），吴残部汤克宽率领的水军全歼，吴跳自杀。
从广东境内的倭寇之患本息，“嘉靖大倭患”本结束，从元朝开始的倭寇之患终于本决。